Puntuación de bits
Una práctica habitual para evaluar la homología primaria de una secuencia genética es el alineamiento local (por ejemplo, el BLAST del NCBI), en el que una secuencia de entrada (la “consulta”) se compara con una secuencia concreta (el “acierto”) en una base de datos de secuencias. La métrica más utilizada para determinar la importancia de un alineamiento entre una consulta y su resultado es el valor e. Dada la omnipresencia de este parámetro, a continuación se ofrece una breve guía para explicar qué es y cómo se utiliza.
El valor E (abreviatura de valor esperado) es un cálculo del número de secuencias en la base de datos que se espera, por casualidad en una búsqueda aleatoria, que se alineen igual o más significativamente con la consulta que el resultado encontrado. Refleja la frecuencia con la que se encontrará una coincidencia igual o mejor en la base de datos para la secuencia de la consulta. En efecto, el valor e es una estimación del acierto que se ha elegido debido al ruido de fondo aleatorio.
Un valor e de 1,0 significa que se espera que una secuencia de la base de datos coincida con la consulta igual o mejor que el acierto que ha encontrado. Un valor e de 0,0 significa que se espera que cero secuencias coincidan tan bien o mejor; cuanto más se acerque el valor e a cero, más significativa (y menos falso positivo potencial) se considera la coincidencia.
Ráfaga de valores E
IntroducciónBLAST (Basic Local Alignment Search Tool; [1],[2]) es la herramienta bioinformática clave para la comparación y recuperación de secuencias en las bases de datos. BLAST es a menudo el primer paso en el uso de la información basada en la secuencia para diseñar experimentos y contextualizar los resultados experimentales. Su rapidez y facilidad de uso contribuyen a ello, ya que los experimentos requieren simplemente enviar una secuencia de interés (la secuencia de consulta) y esperar unos segundos. Al mismo tiempo, al hacer innecesaria la reflexión, BLAST se utiliza a menudo de forma subóptima, ya que muchos investigadores experimentados se limitan a utilizar los parámetros por defecto porque no saben cómo manipularlos o aceptan los resultados sin entender su significado completo (o la falta de él).
El reconocimiento de la importancia de BLAST para las ciencias de la vida modernas ha llevado a su uso en muchos cursos de biología, incluso en el nivel de secundaria, para introducir a los estudiantes en las aplicaciones bioinformáticas en las ciencias de la vida. Los conceptos de evolución molecular (por ejemplo, duplicación y divergencia de genes; ortólogos frente a paralogos) son bastante abstractos y se comunican mejor con ejemplos (Cuadro 1). Es posible utilizar estudios de casos de la literatura, pero la abundancia de datos de secuencias presentes en las bases de datos públicas plantea la posibilidad, mucho más atractiva, de utilizar búsquedas adaptadas a un curso concreto o, mejor aún, permitir que los estudiantes elijan sus propios ejemplos.
Explosión del Ncbi
¿Qué es el valor e? – (Mar/03/2005 )¿Cómo se interpreta el valor e para un alineamiento de secuencias? ¿Hay algún otro parámetro que se pueda emplear para evaluar el nivel de significación del alineamiento?
el valor e da una medida de la similitud de las secuencias, cuanto menor sea el valor e, mayor será la congruencia de su secuencia de consulta y la secuencia recuperada. los valores e de 0 significan que hay una coincidencia exacta para su secuencia aquí…mike -jadefalcon-
si dlaw esta en lo cierto, pero yo solo soy un biologo, no una persona de computacion ! solo queria dar una explicacion muy simplificada, asi que tal vez esta fue simplificada hasta el punto de ser, estrictamente hablando, incorrecta…mike -jadefalcon-
Ncbi
El número e, también conocido como número de Euler, es una constante matemática aproximadamente igual a 2,71828 que puede caracterizarse de muchas maneras. Es la base de los logaritmos naturales. Es el límite de (1 + 1/n)n a medida que n se acerca al infinito, expresión que surge en el estudio del interés compuesto. También se puede calcular como la suma de las series infinitas
La función exponencial (natural) f(x) = ex es la única función f que es igual a su propia derivada y satisface la ecuación f(0) = 1; de ahí que también se pueda definir e como f(1). El logaritmo natural, o logaritmo en base e, es la función inversa a la función exponencial natural. El logaritmo natural de un número k > 1 puede definirse directamente como el área bajo la curva y = 1/x entre x = 1 y x = k, en cuyo caso e es el valor de k para el que esta área es igual a uno (ver imagen). Existen otras caracterizaciones.
El número e es de gran importancia en matemáticas,[4][página necesaria] junto con 0, 1, π, e i. Los cinco aparecen en una formulación de la identidad de Euler, y juegan papeles importantes y recurrentes en las matemáticas. [5][6] Al igual que la constante π, e es irracional (es decir, no puede representarse como un cociente de enteros) y trascendental (es decir, no es una raíz de ningún polinomio distinto de cero con coeficientes racionales)[1] Con 50 decimales el valor de e es: